Die ökologische Durchgängigkeit der Isar für Fische und andere Flusslebewesen ist leider durch viele Querbauwerke sowie mehrere Ausleitungsstrecken zur Energiegewinnung stark eingeschränkt. Hieraus ergeben sich verschiedenste Probleme für Fischfauna z.B. durch Einschränkungen bei der Fischwanderung sowie durch Veränderung der ursprünglichen Gewässertypen (Veränderung der Fließgeschwindigkeit mit Auswirkungen auf Temperatur, Trübung und Sauerstoffgehalt des Wassers, stärkeres „Zusetzen“ kiesiger Laichgründe durch Feinsedimente, höhere Nährstoff-/Schadstoffbelastungen durch entsprechende Einträge von Landwirtschaft und Kläranlagen, …)
Um zusätzliche Belastungen für die natürliche Fischnachzucht durch den (jahreszeitlich bedingt in der Regel nur geringen) Badebetrieb bzw. Bootsverkehr an der Isar zu vermeiden, sollten die für Fischlaich und Fischbrut wichtigen Flachwasserzonen im Winter und Frühjahr möglichst nicht betreten oder befahren werden. Bootfahrer sollten an Flachwasserbereichen zügig in der Hauptströmung vorbeifahren und Grundberührungen durch Boot oder Paddel vermeiden.
Eine Beschädigung einzelner Laichgruben in Flachwasserzonen durch Grundberührung von Boot oder Paddel erscheint zwar prinzipiell möglich, wenn auch ziemlich unwahrscheinlich – eine direkte Einwirkung mit Boot oder Paddel auf lebende Fische ist aufgrund deren natürlichen Fluchtreflexen erfahrungsgemäß praktisch ausgeschlossen.